多数人认为畜禽疾病与病原微生物有关，只有把病菌消除疾病就不再发生。但事实我们环境中存在大量病菌，体质弱的人容易得病，体质好的人就不被感染。同样病原，症状表现或恢复速度也因人而异。所以说，疾病不仅与病原微生物相关而且与脏腑反应状况和气血变化更相关联。
病原不是病因，病原微生物感染是畜禽疾病发展过程中一个阶段。中兽医认为，疾病是因为机体自身的适应力与外界环境变化产生的六淫（超出机体适应力的刺激）影响机体，而产生不适就会发生机体局部功能的代谢障碍，就是亚健康状态，形成疾病的前因，潜在病原微生物就会因为条件符合生长而繁殖。中兽医不需认清是病原，而是在某种刺激变化前使用中药来调理畜禽气血功能，增强内环境的稳定性与增强环境变化相适应力，解除亚健康状态，避免疾病发生。其次发生疾病后，用中药通过调理身体的机能，最大发挥有利身体的因素,使之阴阳和谐，来达到彻底治愈的目的。正气恢复了就没有病菌繁殖的机会了。
疾病一直存在正气与邪气交争的过程，中兽医抓住机体调整的信号，因势利导来使用中药帮助祛除邪气。畜禽受寒着凉了，出现了发烧、上身津液上涌，呕逆，脉浮等，需要解表中药把充斥体表的水带出去，病就解除；畜禽出现口渴、热象重、咳喘，是因为有邪热迫肺，津液流失，需要清热宣肺的中药把多于热量带走，来恢复肺的宣降；如果热邪深入在里，病集中表现在肠胃里，腑气不通，大便干，需要通便泻热的药；如果有尿潴留、体内有水湿、腹水、心包积液等，需要把多于水带走，就用利水或宣肺，调气行水的药等。
疾病发生后，不观察畜禽体质状态使用抗生素，即使消灭了病原，这种“代打”方式，虽然取得了效果，既不能促使机体的正气恢复，也不能保障机体在外界因素扰动下始终阴阳平衡，不会再受邪。使用中药和西药各有优势，始终需要以机体体质状况为中心。否则一般疾病到了中后期，畜禽的脾气虚，肺气也虚，不能运化和布散津液，水液代谢和肠胃的蠕动不能进行。胃气已败吸收进的西药只能滞留在胃里，气机不通，药不能输送到达感染部位，抗生素不能发挥药效就变成有害物质，机体负担重，正气持续衰败，那就更无力抗邪了。