(1)空鸡舍消毒鸡舍会受到不同程度的污染，鸡群转出或淘汰后，需要加强空舍期间管理，以减少、杀灭舍内潜在的细菌、毒性和寄生虫，隔断上下批次间病原微生物传播，为转人鸡群及周边鸡群提供平安的环境，在空舍时间(起码要达20天)保证基础上，要点要做好鸡舍清理、冲洗、消毒等关键环节管理。
①鸡舍清理管理。鸡舍清理的时间宜早，一般在上批鸡转出或淘汰后2天内开始。将料塔、饲料储存间及料槽清理干净，以避免饲料浪费。将鸡舍内的鸡粪清出舍外，保证冲洗效果。按照从上到下的原则清扫屋顶、坨架、房粱、墙壁、风机、进风口、排风口等处的尘土、蜘蛛网。
清扫饮水系统(如饮水管、减压阀)、供电系统(配电箱、开关、电线)、笼具等设备设施。
团对舍内的风机、电器设备控制开关、闸盒等进行包裹或做另外保护。
鸡舍整理时尽量不要将设施和物品移出舍外，要在舍内进行统一整理、冲洗和消毒。如设施或物品务必移出，则在移出前进行严格的清扫和消毒，以防止细菌或毒性污染另外区域。
②鸡舍冲洗管理。鸡舍整理完毕后2~3天可冲洗鸡舍。冲洗时按照先上后下、先里后外的原则，保证冲洗效果和工作效率，同时还可以节约成本。冲洗的顺序为:顶棚、笼架、料槽、粪板、进风口、墙壁、地面、储料间、休息室、操作间、粪沟，防止已经冲洗好的区域被再度污染，墙角、粪沟等角落是冲洗的要点，避免形成“死角”;冲洗的废水通过鸡舍后部排出舍外并及时清理或发酵处理，防止其对场区和鸡舍环境造成污染。
对饮水管与笼具接触处、线槽、料槽、电机、风机等冲洗不到或不易冲洗的部位进行擦洗。进入鸡舍的人员务必穿干净工作服、工作鞋;擦洗时使用清洁水源和干净抹布;及时清洗抹布;洗抹布的污水不能在鸡舍内排放或泼洒，要集中到鸡舍外排放。
冲洗整理完毕后，检查工作效果，储料间、鸡笼、粪板、粪沟、设备的控制开关、闸盒、排风口等部位均要进行检查(每个部位至少取5个点以上，保证无残留饲料、鸡粪及鸡毛等污物。对于冲洗不合格的，应立即组织重新冲洗并再次检查，直到符合要求。
③鸡舍消毒管理。将水管拆卸下来，放出残余的水并用高压水枪冲洗，冲洗水箱等应用清洁球或海绵擦洗，待全部擦洗干净后用百分之一至百分之二稀液体强酸水溶液充满水线，浸泡24小时，放出浸泡液后冲洗干燥。
火焰消毒:鸡舍冲洗干燥后进行，主要对笼具、地面等耐高温部位进行，目的是杀灭各种微生物及虫卵。
喷洒消毒:在火焰消毒的当天或第2天，舍外墙壁用白灰喷洒消毒，舍内屋顶、地面、笼具及设备，用季铵盐类、络合醛类等消毒液全方面喷洒消毒。特殊情况下，可用驱虫药物喷洒，消灭舍内残留的寄生虫和虫卵。
熏蒸消毒:在喷洒消毒当天进行，消毒前将所需物及工具移人，将鸡舍的进出风口、门窗、风机等封严，用甲醛熏蒸，保证熏蒸时间在24小时以上，进鸡前1~3天可进行通风换气并对熏蒸的残留药品清理和冲洗。
为确认消毒效果，可以监测微生物，如不能达到要求，需要重新消毒鸡舍。
(2)育雏舍和雏鸡舍消毒首先要透彻清扫，将鸡类、污物、蛛网等铲除，清扫干净。屋顶、墙壁、地面用水反复冲洗，待干燥后，喷洒消毒药和杀虫剂，烟道消毒(可用百分之三克辽林)后，再用百分之十的生石灰奶刷白，有条件可用酒精喷灯对墙缝及角落进行火焰消毒。
密封性能较好的育雏舍，在进鸡前3-5天用副尔马林溶液进行熏蒸消毒。熏蒸前窗户、门缝要密封好，堵住通风口。洗刷干净的育雏用具、饮水器、料槽(桶)等全部放进育雏舍起熏蒸清毒。熏蒸24-48小时后打开门窗，排出剩余的甲醛气体后再进雏。
通常不提倡对雏鸡进行熏蒸消毒，但在发生脐炎、白痢杆菌病等疫病的鸡场，可实施熏蒸消毒。
如时间仓促，可在喷酒消毒剂后结合紫外线灯照射消毒1-2小时进雏后每天清扫地面1-2次，并喷酒消毒剂，10日龄后参照带鸡消毒。
(3)鸡舍外环境消毒 对鸡舍外的院落、道路和某些死角，每周进行1-2次消毒，易在早、晚进行。清毒剂可使用烧碱、漂白纷或84消毒液等。
先透彻清扫院落 和道路上的垃圾、污物，再用喷雾器喷洒消毒剂。
(4)发病鸡舍的消毒在有病鸡的鸡舍内，消毒工作十分重要，但是不可与普通鸡舍的消毒程序致，有效的消毒方法如下。
可移动的设备和用具先消毒，再移到舍外日晒;鸡舍封闭，禁止无关人员进人;垫料用强消毒液喷洒，整个区域不能与另外鸡接触; 将垫料移到舍外烧或埋，不能与鸡群接触。
